Akių paviršiuje natūraliai gyvena tam tikros bakterijos – stafilokokai, streptokokai, corynebacterium. Susilpnėjus organizmo imunitetui ar pasikeitus bakterijų tarpusavio pusiausvyrai, prasideda uždegimas. Mikroorganizmai gali patekti į junginę iš išorės, iš šalia esančių uždegimo vietų ar atkeliauti kraujo keliu.

Ūmus bakterinis konjunktyvitas pasireiškia akių paraudimu, ašarojimu, smėlio pojūčiu akyse, traiškanojimu, vokų bei junginės paburkimu, kartais gali atsirasti smulkių kraujosrūvėlių, plėvių, kurios lengvai nusiima. Po nakties gali būti sunku atsimerkti dėl sudžiūvusio sekreto. Prasidėjęs vienoje akyje, neretai 1-2 parų bėgyje uždegimas pereina ir į kitą akį. Neisseria gonorrhoeae sukeltam konjunktyvitui būdinga ypač gausios, kraujingos išskyros, labai paburkę, kieti, melsvo atspalvio vokai, gali formuotis plėvės, gali būti pažeidžiama ragena – formuotis opos, infekcija gali išplisti gilyn į akies obuolį, suaugusiems gali padidėti paausio limfmazgiai. Ypač pavojinga ši infekcija naujagimiams, kurie užsikrečia nuo motinos gimdymo metu ir suserga 1-3 dienos po gimimo. Kartais bakterinis konjunktyvitas užsitęsia ilgiau nei 4 sav. ir pereina į lėtinį – šiam būdingas nedidelis akies obuolio paraudimas, specifiniai apžiūros metu matomi junginės pakitimai, nedaug išskyrų.

Apžiūrint akis stebimi specifiniai pakitimai akių junginėje, išskyros junginės maišelyje, junginės paburkimas, ant blakstienų sudžiūvęs sekretas, kartais ragenoje nustatomi periferiniai infiltratai.

Bakterinis konjunktyvitas gydomas antibakteriniais akių lašais ar tepalais. Nustačius gonokokinį ar chlamidinį junginės uždegimą papildomai taikoma sisteminė antibiotikų terapija.