Šios operacijos, kaip ir visos kitos chirurginės operacijos, turi tam tikrą riziką ir galimas komplikacijas. Rimtų, ilgalaikių komplikacijų tikimybė yra labai maža. Dauguma būdingų komplikacijų atsiranda iš karto po operacijos ir per tam tikrą laiką išnyksta.

Nedidelės kraujosrūvėlės apie rageną gali atsirasti po LASIK operacijos. Jos neturi įtakos regėjimui ir rezorbuojasi mėnesio bėgyje.

Jautrumas šviesai gali pasireikšti gijimo laikotarpiu.

Šviesos atspindžiai bei ratilai apie šviesos šaltinį. Tam tikrą laiką vakarais šviesa iš šviesos šaltinio matoma išsiskaidžiusi (po LASIK operacijos). Bėgant laikui simptomų išreikštumas mažėja ir po 6 mėn. beveik išnyksta.

Pablogėjęs matymas prieblandoje bei tamsoje. Šis simptomas bėgant laikui mažėja ir paprastai praeina per 3 - 6 mėnesius. 

Akių spaudimo padidėjimas gali atsirasti asmenims, kurie individualiai jautrūs skiriamiems po operacijos lašams. Tokiu atveju skiriami papildomi akių spaudimą mažinantys medikamentai. Baigus lašinti priešuždegiminius lašus akispūdis normalizuojasi.

Akies uždegimas – retai pasitaikanti komplikacija. Tokiu atveju skiriamas papildomas gydymas.

Akių skausmas ar diskomfortas. Po PRK operacijos akių skausmas išnyksta per 2 - 3 dienas. Po LASIK operacijos akių diskomfortas gali būti jaučiamas 4-5 val. po operacijos.

Artimo vaizdo liejimasis. Po operacijos matymas į tolį atsistato dažniausiai greičiau nei į artį. Raidžių liejimasis iš arti paprastai užtrunka ne ilgiau kaip 3-4 sav.

Nepakankama ar per didelė korekcija. Retais atvejais iš karto po operacijos negaunamas optimalus rezultatas. Tokiu atveju, jei yra likęs ragenos storio rezervas bei matymas koreguojasi akiniais, galima atlikti pakartotinę operaciją, kuri pacientui yra nemokama.

Operacijos efekto regresija. Dažniau pasitaiko esant didelio laipsnio refrakcijos ydai. Per 1 – 3 mėn. regos aštrumas pablogėja dėl vėl atsiradusios trumparegystės ar toliaregystės. Jei chirurgas pataria, operaciją galima pakartoti.

Ragenos randas. Ragenos randas yra ragenos gijimo rezultatas po lazerinės operacijos. Atlikti tyrimai rodo, kad po LASIK operacijų negali būti randinio pobūdžio gijimo. Po PRK operacijos rando tikimybė didėja didėjant refrakcijos ydos laipsniui ir pasitaiko maždaug 1:500 atvejų. Dažnai randą gali matyti gydytojas tik per mikroskopą, o paciento regėjimui randas gali net nedaryti jokios įtakos. Bet kartais jis gali sumažinti regėjimo aštrumą per kelias eilutes. Paprastai su laiku ragenos randai mažėja, ragena skaidrėja.

Sausos akys. Atlikti tyrimai parodė, kad 14-15% pacientų po operacijos gali susidurti su tokiu reiškiniu, kaip sausos akys. Šis sausumas gali pasireikšti pooperaciniame  6 mėnesių laikotarpyje. Dažniau pasitaiko pacientams, kurie ir prieš operaciją jautė akių sausumą, daug laiko praleidžia prie kompiuterio, vartojantiems kai kuriuos sisteminius vaistus. Tokiais atvejais skiriamos dirbtinės ašaros.